Die Stiftung Innovation in der Hochschullehre befindet sich in Trägerschaft der gemeinnützigen Toepfer Stiftung gGmbH. Sämtliche Mittel für Förderung, Programm, Organisation und Verwaltung werden von Bund und Ländern zur Verfügung gestellt.

Die Handlungsgrundlagen für die Stiftung Innovation in der Hochschullehre sind in der Satzung niedergelegt. Zur Erfüllung ihrer Aufgaben erhält die Stiftung jährlich ein Budget von 150 Millionen Euro. Diese Mittel werden in den Jahren 2021 bis 2023 allein vom Bund und ab 2024 gemeinsam von Bund und Ländern aufgebracht. Der jährliche Wirtschaftsplan ist Teil der Haushaltsgesetzgebung des Bundes.

Die Stiftung wird durch ein Bund-Länder-Gremium gesteuert. Dieses besteht aus Vertreter:innen der für Hochschulen und Wissenschaft zuständigen Fachressorts von Bund und Ländern.

Ein unabhängiger, externer Wissenschaftlicher Beirat mit international ausgewiesenen Expert:innen berät das Bund-Länder-Gremium und ggf. weitere Gremien der Stiftung zu strategischen Fragen.

Daneben werden in den unterschiedlichen Förderlinien Ausschüsse zur Projektauswahl eingesetzt, die aus renommierten Expert:innen aus Hochschulen und Wissenschaft, Studierenden sowie Vertreter:innen der Länder und des Bundes bestehen.

Für die Leitung der Stiftung Innovation in der Hochschullehre wurde ein dreiköpfiger Vorstand berufen. Die Aufgaben des Geschäftsführenden Vorstands und des Vorstands Innovation werden hauptamtlich ausgeführt, der Vorstand Wissenschaft ist nebenamtlich tätig. Der Vorstand vertritt die Stiftung rechtsverbindlich nach innen und außen.

Unterstützt wird der Vorstand der Stiftung durch das Team der Geschäftsstelle.

Die Trägerin der Stiftung Innovation in der Hochschullehre, die Toepfer Stiftung gGmbH, ist eine Tochtergesellschaft der gemeinnützigen Alfred Toepfer Stiftung F.V.S. mit Sitz in Hamburg. Direkte Rechtsbeziehungen der Stiftung Innovation in der Hochschullehre zur Gesellschafterin der gGmbH, der Alfred Toepfer Stiftung F.V.S., bestehen nicht.